U.C.0097。
「拉普拉斯之盒」被打開之後一年。
儘管提及新人類存在與應有權利的「宇宙世紀憲章」公諸於世,世界的權力結構卻依舊沒有產生重大改變。
隨著新吉翁殘黨「帶袖的」瓦解,被稱為「拉普拉斯事變」的一連串衝突也看似終結了。
在該事變最後的戰鬥中,兩架全腦波傳導框體型MS展現了超乎常理的力量。
隨著白色獨角獸與黑色獅子遭到封存,這兩架MS所造成的威脅理應逐漸從人們記憶中遠去,就此被遺忘了才對……
然而,從兩年前就下落不明的RX-0 獨角獸鋼彈3號機竟再度現身於地球圈。金色的「不死鳥」……其名為鳳凰。