儘管已犧牲了無數人，戰火卻仍未平息。離開主天使號的芙蕾，彷彿被對煌難以割捨的思念牽引一般，竟闖入了自由鋼彈與天帝鋼彈激烈對決中的戰場，最後卻在煌面前遭到拉烏無情的攻擊而喪命。對於無法守住必須要保護的事物，煌感到悔恨不已，但此時他眼前竟出現了芙蕾的幻象。芙蕾的靈魂終於在最後一刻與煌互相理解了嗎…… 另一方面，薩拉將創世紀的目標對準地球，不過即使是在札夫特軍中，亦有人為了制止這種瘋狂舉動挺身而出。為了阻止父親，阿斯蘭與卡佳里一起進入雅金・杜威。然而眼前所見到的，竟是軍官為了阻止用創世紀屠殺的舉動，因而射殺了薩拉的場面。在喃喃咀咒自然人後，薩拉氣絕身亡。 然而即使是薩拉之死也已無法阻止失控的局面。雅金的自爆讓創世紀隨之啟動。阿斯蘭隻身闖入創世紀後，打算讓正義鋼彈的核子動力引擎失控，藉此連帶炸毀創世紀。所幸這個計畫最後成功了。卡佳里也制止了原本打算犧牲自己的阿斯蘭，帶著他一起逃生。 在此同時，煌和拉烏展開了最後的生死鬥，雙方的機體以同歸於盡收場。隨著札夫特中以卡納巴為首的舊克萊因派呼籲停戰，通往和平之路的大門總算開啟了。眼見悽慘的戰場景象，阿斯蘭心生絕望。 不過就在此際，托里飛向太空，在其前方有著自由鋼彈的殘骸，而煌的身影也在那裡……希望，仍然存在。